Diese Orgel stand früher in der Wallfahrtskirche St. Leonhard in Perchtoldsdorf. Nach dem Verbot der Wallfahrten unter Kaiser Joseph II. (1783) wurde diese Orgel nach Atzgersdorf transferiert.

Bei der ersten Orgel (1783 schenkte Perchtoldsdorf seine Orgel der Pfarrkirche Atzgersdorf, 1784 wurde die Orgel in der Kirche aufgestellt) handelte es sich um eine sogenannte Schleifladenorgel, die im 18. Jahrhundert gebaut worden war. Die Atzgersdorfer schafften dazu ein Brüstungspositiv an. 1856 war die Orgel allerdings in einem derart schlechten Zustand, dass sie dringend renoviert werden musste. Der Atzgersdorfer Orgelbauer Alois Hörbiger setzte die Orgel und den Spieltisch an die Wand zurück, erneuerte die Mechanik, besserte die Pfeifen aus, vervollständigte das Register und fügte zwei neue Register dazu. 1909 kamen noch diverse Verschönerungsarbeiten dazu: Das Gehäuse wurde frisch gestrichen, die Ornamente vergoldet, der Blasbalg lackiert und die Chorbrüstung renoviert.

1917 wurde die Orgel von Johann M. Kauffmann im spätromantischen Stil nach modernen Gesichtspunkten völlig umgebaut: die Manuale wurden in den beiden Hauptgehäusen im Oberkasten untergebracht, das Pedal im Unterkasten. Die rein mechanischen Schleifladen wurden, dem damaligen Zeitgeist entsprechend, gegen Kegelladen mit Röhrenpneumatik ausgetauscht und ein neuer, freistehender Spieltisch errichtet. Außerdem wurde das barocke Brüstungspositiv stillgelegt, nur als Attrappe belassen und dessen Pfeifen in das Hauptgehäuse verlagert. Diese Neukonstruktion umfasste 15 Register, verteilt auf 2 Manuale und Pedal. 1926 erfolgte eine weitere Reparatur, bei der die Zuleitungsrohre aus Papier durch Bleirohre ersetzt wurden.
1972 wurde das Orgelgehäuse im Zuge der Kircheninnenrenovierung marmoriert. 1980 brachte ein Gutachten zutage, dass eine weitere Renovierung der Orgel nicht mehr sinnvoll sei und empfahl den Neukauf.

1983 beschloss die Pfarre den Neubau einer Orgel. 1985 wurde die Firma Hradetzky aus Obernbergern mit dem Neubau einer Orgel im historischen Gehäuse beauftragt, die Ende 1987 mit der Demontage des Pfeifenwerkes begann. Die Metallpfeifen wurden an interessierte Atzgersdorfer gegen eine Spende verkauft, die Holzpfeifen und das Gehäuse renoviert. Das Brüstungspositiv wurde reaktiviert und 5 originale Register in barockem Stil wiederhergestellt. Die Orgel verfügt nun über 18 klingende Register (eigentlich 16 mit 2 Vorabzügen), 986 Pfeifen, verteilt auf 2 Manuale und Pedal.
Die ursprüngliche Fassung des Gehäuses wurde durch den Kremser Restaurator Hans Waldbauer wieder freigelegt. 1988 konnten die Atzgersdorfer den herrlichen Klang der neuen Orgel zum ersten Mal erleben.

Die originalen Barock-Register sind:
Bordun (Hauptwerk)
Copel (Positiv)
Flauto (Positiv)
Sub Baß (Pedal)
Octav Baß (Pedal)