Die Orgel wurde im Jahre 1813 von Johann Georg Fischer erbaut 16 Stimmen verteilt auf 2 Manualen und Pedal und am Martinstag (11. November) desselben Jahres zum ersten Mal gespielt. Das Gehäuse ist zweigeteilt, um das große Chorfenster freizuhalten, das vor dem Ausbau der Kirche die wichtigste, weil größte Lichtquelle war. Im östlichen Teil befindet sich das Hauptwerk, im westlichen das Pedalwerk und die Windanlage. Das Positiv ist als Brüstungswerk ausgebildet.

Die Orgel der Pfarrkirche Aspern wurde im Jahr 2021 einer gründlichen Reinigung und Revision von der Firma Orgelbau im Wienerwald - Robert Niemeczek - unterzogen.