Eine Besonderheit stellt die Kirche St. Gertrud dar, besteht sie doch aus zwei Kirchen. Die kleine alte Barockkirche, die 1753 erbaut wurde und die die bereits im frühen 13. Jahrhundert urkundlich erwähnte Kapelle der Hl. Gertrud ablöste, bot Platz für ungefähr 300 Gläubige. 1934 wurde sie nach Plänen von Karl Holey erweitert, und zwar auf ungewöhnliche Weise: Die wertvolle, alte Barockkirche wurde zum Querschiff und mittig durch ein modernes Langhaus ergänzt, der alte Hochaltar zum Seitenaltar und ein neuer Hochaltar aus der alten aus dem 18. Jahrhundert stammenden Kreuzigungsgruppe errichtet. Den großen Niveauunterschied durch den Anstieg der Kutschkergasse glich man durch den Bau der Unterkirche elegant aus.
Schon die alte Barockkirche hatte eine wunderschöne Orgel. Sie wurde 1796 auf der Westempore von Johann Wimola d.J. errichtet und war der ganze Stolz der Gemeinde. Nach dem 1. Weltkrieg wurde sie aus unbekannten Gründen abgetragen und 1924 eine neue Orgel gebaut, die allerdings die Erwartungen nicht erfüllte. Nach nur 64 Jahren, nämlich 1988, wurde daher bei Rieger Orgelbau in Schwarzach die nun bestehende neue Orgel in Auftrag gegeben und auf der Orgelempore an der Nordseite errichtet.
2001 wurde die Kirche völlig um- bzw. rückgebaut. Die alte Barockkirche erhielt wieder ihre ursprüngliche Ausrichtung, der 1934 zum Seitenaltar degradierte Hochaltar bekam wieder seine ursprüngliche Funktion. Die Orgel aber bekam einen wunderbaren neuen Platz und wurde im Durchbruch von der alten Barockkirche zum neuen Langhaus aufgestellt. Damit wurde sie nicht nur zu einer spektakulären weil gut sichtbaren Attraktion im Kirchenraum, sondern auch zur Trennlinie der beiden Kirchen, die nun wieder unabhängig voneinander genützt werden können.
Das ursprünglich grüne Orgelgehäuse wurde weiß lackiert und die Orgel aufgrund der veränderten Akustik neu intoniert. Die Orgel hat 26 Register, eine mechanische Spiel- und Registertraktur, zwei Manuale und Koppeln: II/1, 1/P, 11/P.

Thomas Renner und Birgit Snizek