Das Gehäuse wurde gestiftet durch den Architekten der Breitenseer Pfarrkirche Ludwig Zatzka und dessen Gattin Maria anlässlich des 50-jährigen Regierungsjubiäums von Kaiser Franz Joseph I.

1956 erfolgte eine Renovierung durch OBM Ferdinand Molzer, bei dem das pneumatische System eine elektrische Anspeisung erhielt. Gleichzeitig wurden, dem Geschmack der damaligen Zeit folgend, die Disposition etwas verändert und der Pedalumfang um 3 Töne erweitert.

1995 entschloss man sich wegen der wiederaufgetretenen Funktionsmängel zu einer grundlegenden Sanierung. Weil im Werk zum überwiegenden Teil die Disposition von 1898 erhalten war und weil nach dem Urteil der Experten des Bundesdenkmalamtes die Orgel einen integrierenden und unverzichtbaren Bestandteil im Kirchenbau von 1898 darstellt, entschloss man sich zur Restaurierung des Instruments und zur klanglichen Rückführung auf den Zustand von 1898 unter Beibehaltung der elektropneumatischen Traktur durch die Orgelbaufima W. Walcker-Mayer aus Guntramsdorf.
Rekonstruiert wurden die Register Bordun 16, Quint-Oktave 2 2/3' + 2´, Philomela 8´ und Violine 4'. Die erweiterten Pedaltöne wurden wieder entfernt. Neu angefertigt wurde ein fahrbarer Spieltisch mit elektronischer Setzerkombination. Neu sind auch die Prospektpfeifen aus Zinn der Register Principal 8´ im I. Manual und Bordunprincipal 8 im II. Manual.