Die Orgel der Rochuskapelle in Penzing ist die einzige spätbarocke Orgel Wiens und wurde 1794 von Josef Effinger, einem aus Mannheim stammenden und in Preßburg nachweisbaren Orgelbauer, erbaut. Die Orgel weist ein Brüstungswerk auf, das von hinten - ursprünglich stehend - zu spielen ist. Das Brüstungswerk beherbergt acht Register mit einem Umfang von vier Oktaven.
Im Untergehäuse befinden sich zwei Blasbälge, die ursprünglich mit Lederriemen zu betätigen waren. Heute besitzt die Orgel ein elektrisches Gebläse.
Um 1900 herum wurde ein Pedalwerk mit einem Subbass-Register angebaut.  Dieses greift jedoch nicht in die originale Substanz ein. Die Pfeifen befinden sich hinter der Orgel. Die Orgel besitzt 275 Metallpfeifen und 108 Holzpfeifen also 383 Pfeifen gesamt.

Die Bedeutung dieser Orgel wird von Dr. Biba in einem Gutachten hervorgehoben:
"… diese Orgel nimmt eine Sonderstellung in Wien ein. Es gibt keine vergleichbare historische Orgel, die ohne Eingriffe und so stilistisch geschlossen überliefert ist."

1989 wurden Windladen und Keilbalganlage durch die Firma Walcker restauriert.