In den Jahren 1860–1862 wurde auf dem Schottenfeld für die Lazaristen eine Missionskirche nach Plänen des Architekten Friedrich Freiherr von Schmidt errichtet. Die Lazaristen, die 1855 nach Wien kamen, sind eine Gemeinschaft von  Weltpriestern, die sich eigentlich „Kongregation der Mission vom hl. Vinzenz von Paul“ nennt. Am Vorabend des 8. Dezembers 1862 wurde die Kirche von Kardinal Othmar von Rauscher auf den Titel „Unbefleckte Empfängnis“ geweiht.
Für diese Kirche lieferte Matthäus Mauracher Anfang September 1862 eine zweimanualige Orgel mit 25 Registern und einem Crescendo und baute sie in den neugotischen Orgelkasten des Salzburger Tischlers Josef Wessiken ein.

1899 erweiterte Josef Mauracher die Orgel auf 42 Register, verteilt auf drei Manuale und Pedal und stattete sie mit einer pneumatischen Spiel- und Registertraktur aus. Aber schon 1924 drängte Heinrich Schieder, Kirchenpräfekt in der Kaiserstraße, auf einen Orgelumbau. Es sollten nicht nur die fehlenden Prospektpfeifen, die 1917 für Rüstungszwecke eingeschmolzen worden waren, ersetzt, sondern das Werk um mehrere Register erweitert werden.

Mit den Arbeiten wurde die Wiener Orgelbaufirma Johann Marcellinus Kauffmann beauftragt, die die Orgel 1927 auf 52 klingende Register, verteilt auf vier Manuale und Pedal, erweiterte. Diese Orgel war nicht nur die erste viermanualige  Kirchenorgel Wiens, sondern verfügte, als weitere Besonderheit, über ein Fernwerk. Das Fernwerk ist eine kleine Orgel, die im Dachboden der Kirche untergebracht ist. Von dort wird ihr Klang durch einen Schallkanal zur Mitte des  Kirchengewölbes geleitet, wo sich eine Öffnung zum Kircheninneren befindet. 1956 erfolgte eine Generalreparatur der Orgel, wobei nicht nur ein Teil der pneumatischen Traktur elektrifiziert, der Winddruck erhöht, sondern auch die Disposition  geringfügig abgeändert wurde. Da diese Arbeiten aus finanziellen Gründen nur unzureichend ausgeführt wurden, wichtige Verbesserungen an der Traktur jedoch unterblieben, waren in den vergangenen Jahren immer wieder Reparaturen und  Sanierungsarbeiten notwendig.

1999 entschied sich die Pfarre für eine umfassende Instandsetzung der Orgel, wobei die Disposition teilweise auf den Stand von 1927 rückgeführt, die technische Anlage komplett erneuert und die Windversorgung verbessert wurde. Mit dieser  Aufgabe wurde die Orgelbaufirma Bodem aus Leopoldsdorf bei Wien betraut, die vom 3. November 1999 bis Ende Jänner 2001 die Instandsetzung der Orgel durchführte.