Die Orgel der Klosterkirche ist auf der Empore aufgestellt und in zwei dachlose Gehäuseteile gegliedert, deren stumme, durch jeweils zwei Pfeiler begrenzte Prospektpfeifen – Zinkpfeifen mit Rundlabien - nach außen abfallen. Links von den in einer Reihe angeordneten Registerwippschaltern befindet sich ein Voltmeter, rechts davon ist ein Schild mit der Jahreszahl 1957 angebracht. Zwischen den Manualen ist der Schriftzug „MOLZER, WIEN“ aufgebracht; unter dem ersten Manual befinden sich die runden Druckknöpfe der Kollektive und anderen Spielhilfen, wobei „Handregister ein“ ohne Funktion ist. Über der Pedalklaviatur ist die Crescendo-Walze situiert.

Ihre Orgel erhielt die Klosterkirche im Jahr 1957 in Form eines von Ferdinand Molzer errichteten Werkes, das am Palmsonntag 1957 von Prälat Franz Feichtinger gesegnet wurde.

Vom April 1981 bis zum 6. April 1985 baute – vermittelt durch M. Suppan – Hans IV. Kauffmann die Orgel um.

Das neue Register Schalmeyregal 8’ erhielt seinen Platz auf einer Zusatzlade im Gehäuseteil des I. Manuals. Abgesehen davon, dass die festen Kombinationen neu eingestellt wurden, blieben die Spielhilfen unverändert. Am 2. Oktober 1985 nahm Kauffmann in Garantie noch eine Nachhilfe vor. Dem besagten Schalmeyregal war allerdings nur eine kurze Zeit in der Orgel des Hartmannklosters beschieden: Bereits 1990 wurde es von Franz Gaudriot durch eine Fernflöte 4’ mit sehr enger Mensur und Rollbärten ersetzt.

2007 nahm Franz Windtner eine Instandsetzung vor, wobei er das als klanglich identisch mit der Waldflöte 4’ beschriebene Register Fernflöte 4’ unter Beibehaltung des vorhandenen Pfeifenmaterials zu einer Fugara 4’ umarbeitete.