Ihre Orgel erhielt die Klarissenkirche im Jahr 1957 – die Auftragserteilung an den Orgelbauer Josef Huber aus Eisenstadt erfolgte am 1. August 1956, die Kollaudierung fand im Jänner 1958 statt. 1990 befand sich das Instrument in einem so  schlechten technischen Zustand, dass sie Schwesterngemeinschaft an den Neubau einer mechanischen Schleifladenorgel dachte. Aus finanziellen Gründen war ein solcher jedoch nicht möglich, weshalb das 1993 aus dem Denkmalschutz  entlassene Instrument bis zum heutigen Tage vorhanden ist.

Aufgrund der Tatsache, dass sich die Orgelempore der Klarissenkirche im Klausurbereich des Klosters befindet, ist dieselbe nicht zugänglich. Eine genauere Beschreibung der Orgel kann aus diesem Grund nicht erfolgen.

Die Orgel besitzt im Pedal drei Auszüge:
Gedecktbass 8´
Quintbass 51/3´
Choralbass 4´