Hauptwerksregister Fußzahlen:
Prinzipal 8´
Waldflöte 8´
Quintadöna 8´
Salicional 8´
Spitzflöte 4´
Octav 4´
Superoctav 2´
Quint 2 ²/₃´
Mixtur IV ²/₃’
Cimpel II 1 ¹/₃’

Positivregister Fußzahlen:
Copula 8´
Prinzipal 4´
Dulciana 4´
Flöte 4´
Octav 2´

Pedalregister Fußzahlen:

Subbaſs 16´
Octavbaſs 8´
Quintbaſs 5 ^⅓´
Cornetbaſs V 4´

1853: Reparatur und Umbau durch Ludwig Edenhofer (Bayern)
1859: Reparatur Franz Wagner (Graz)
1896: Instandsetzung Franz Ullmann (Wien)
1926: Reparatur Franz Ullmann (Wien)
1965: letzte Restaurierung und Umbau Philipp Eppel (Wien)
2010: Letzte Reparaturen Wolfgang Bodem

Die Orgel befindet auf der westlichen Chorempore und ist von einem massiven Gehäuse umgeben. Es besteht aus einem Hauptkasten für Hauptwerk und Pedal sowie einem Brüstungspositiv. Die Pfeifen des Hauptwerks sind streng nach den fünf Gehäuseteilen in Terzen aufgestellt, dahinter das Pedal, in C und Cis-Seite geteilt (in diesem Bereich sind massive Veränderungen erkennbar, s.o.). Das Positiv zeigt verlaufende Pfeifenaufstellung.
Der Spieltisch steht vor dem Hauptkasten, in Blickrichtung Altar. Im Gehäuse blieb eine Sitznische für den Organisten - ähnlich wie in der Kirche am Hof - ausgespart.
Angesichts der historischen Bedeutung der Orgel \\urden die Zinn-Prospektpfeifen im Ersten Weltkrieg nicht entnommen und sind somit als besondere Rarität original erhalten.
Das Pfeifenwerk der Orgel ist durch unsachgemäße Stimmarbeiten schwer beschädigt und beleidigt. Die Mixturenzusammensetzung scheint 1965 geändert worden zu sein, die Aufschnitte bei den Pedalpfeifen scheinen erhöht worden zu sein. Die Vorschläge der Holzpfeifen (außer Subbass 16') ähneln den Formen Carl Hesses. 

Veränderungen (aus dem Gutachten von Prof. Dr. Karl Schütz vom 9. Jänner 1999)
"Das Werk ist fast zur Gänze erhalten. Neben den kleinen Veränderungen anläßlich von Instandsetzungsarbeiten wurden vor allem 1965 qualitätsmindernde Eingriffe vorgenommen.
1896 wurden die bis dahin originalen Lederpulpeten in den Windladen von Franz Ullmann durch die damals üblichen Messingdurchzüge ersetzt, ebenso wurden die Tastenbeläge erneuert.
Bereits vorher, wahrscheinlich vor 1832, wurden die gegenwärtigen Registerschildchen angebracht.
Bis 1843 besaß das Pedal ein Register Fagott, noch 1846 ist von 21 Registern die Rede (da ist offenbar auch die Pedalkoppel mitgezählt).
1965 wurde der Pedalumfang durch Hinzufügung einer Windlade auf den Ambitus C chromatisch - d1 erweitert. Dabei wurde sichtbar die Anlage im Pedalbereich verändert. Ebenso wurde dabei die Windversorgung geändert.
Die Arbeit wurde von Philipp Eppel in ungeheuer billiger, primitiver, ja häßlicher Form ausgeführt (Spanplatten, grobe konfektionierte Aluminiumwellenärrnchen etc.)
Die Zusatztöne weichen in der Intonation merklich von den 12 Originaltönen ab, sie sind schwach und erfüllen ihre Funktion als Erweiterung des Baßumfangs in keiner Weise, sind also entbehrlich.
Durch den Zubau ist auch die Zugänglichkeit für Stimmarbeiten unmöglich gemacht worden. Die Pedalklaviatur ist dem Werk nicht entsprechend geradezu häßlich ausgeführt.

Die Orgel zu St. Joseph stellt also eine der bedeutendsten Spätbarockorgeln unserer Stadt aber auch unseres Landes dar, sie ist nahezu original erhalten. Sie sollte nicht nur instandgesetzt werden sondern zwecks Wiederherstellung des Klangdenkmals einer konsequenten Restaurierung nach strengen denkmalpflegerischen Grundsätzen unterzogen werden.
Der Zustand vor 1965 ist wiederherzustellen (Rekonstruktion der gemischten Stimmen, Pedalumfang 12 Töne/ 18 Tasten), bei genügend Anhaltspunkten sollte der Originalzustand samt Fagott rekonstruiert werden."