Im Haydn-Jahr 2009 errichtete die Orgelbaufirma Rieger eine Orgel mit zwölf Registern auf zwei Manualen und Pedal. Im Gedenken an Franz Joseph Haydn und an dessen Brüder Johann Michael und Johann Evangelist, die am Stephansdom eine zehnjährige Ausbildung genossen haben, wird das Instrument als Haydn-Orgel bezeichnet. Die äußere Erscheinung der Orgel ist an das Design der Chororgel angelehnt.

Einweihungsdatum: 24.10.2009
Einweihungsorganisten: Ernst Wally / Thomas Dolezal

Das Instrument hat im Dom keinen festen Standort, sondern lässt sich mit seinen 1.600 Kilogramm mittels eines integrierten elektrischen Hubstaplers (sog. Ameise) im gesamten Kirchenraum frei bewegen. Diese Mobilität wurde zum einen mit Blick auf den Einsatz bei Gottesdiensten an den verschiedenen Seitenaltären konzipiert, wodurch auf weitere (fest installierte) Kleinorgeln verzichtet werden kann, und außerdem mit Blick auf den Einsatz bei Konzerten im Dom; zu diesem Zweck ist das Instrument mit moderner Tonübertragungstechnik ausgestattet, die es ermöglicht, die Signale der Mikrophone in der Orgel im Regieraum von radio klassik Stephansdom zu empfangen und an das Mischpult weiterzuleiten.