Nach Abschluss der Innenrenovierung der Schottenkirche im Mai 1994 wurden zwei neue Orgeln errichtet. Die beiden Instrumente stammen aus der Werkstätte der renommierten Orgelbaufirma Mathis aus dem Schweizer Näfels und stellen in der Wiener Orgellandschaft ein klanglich herausragendes modernes Beispiel gediegener Orgelbaukunst dar. Die Chororgel wurde am 18. Dezember 1994 eingeweiht, die Hauptorgel folgte am 13. Jänner 1996; damit sind die Möglichkeiten für vielfältige musikalische Aktivitäten gegeben – ob für den Volksgesang, das Chorgebet, Literaturspiel oder mehrchöriges Musizieren.

Die unterschiedlichen Konzepte beider Instrumente ermöglichen eine sehr vielfältige Verwendung in unterschiedlichsten musikalischen Bereichen. Die 20 Stimmen umfassende Chororgel ist als eigenständiges, zur Hauptorgel kontrastierendes Werk konzipiert. Die Gliederung in ein klangvolles Hauptwerk auf der rechten und das Neben- bzw. Begleitwerk mit Pedalwerk auf der linken Seite, verlangt vom Organisten nicht zuletzt durch die Tatsache der Querbeschallung des Kirchenraumes künstlerisches Einfühlungsvermögen und Sensibilität bei der Art der Registrierung.

Die Chororgel ist eher dem Farbenreichtum einzelner Stimmen und sparsamer Registermischungen verpflichtet, was der Klarheit barocker Klangvorstellung besonders entgegenkommt. Zu den Stiftsorganisten, die an der Schottenkirche wirkten, zählen u.a. auch der frühere Hoforganist Georg Piscator (1649–1660) sowie der große Barockmusiker Johann Joseph Fux (1696–1702).

Seit 1. Dezember 2022 ist Manuel Fröschl Stiftsorganist der Benediktinerabtei „Unserer Lieben Frau zu den Schotten“.