• Mixtura major IV-VI 1 ⅓'

• Mixtura minor III-IV ¹/₂'

Die große Orgel der Augustinerkirche wurde von Orgelbaumeister Rieger 1976 in das historische Gehäuse von Johann Hencke (1730) eingebaut, nachdem diese Orgel im 2. Weltkrieg zerstört wurde.

Die Herkunft dieses Gehäuses ist ebenso wie jenes der Kirchenbänke bemerkenswert: Am 27. Mai 1784 richteten der Prior des Augustinerklosters und der Pfarrer von St. Augustin an den General-Hofbau-Direktor Wenzel Fürst von Kaunitz-Rietberg das Ersuchen, die Orgel aus unter Joseph II. aufgehobenen Schwarzspanierkirche für St. Augustin zu erhalten. Die Aufstellung der von Johann Hencke um 1730 erbauten Orgel verzögerte sich, weil das hochbarocke Gehäuse von Ferdinand Hohenberg von Hetzendorf dem gotischen Innenraum angepasst werden sollte. Diese wohl gelungene Verbindung des barock gebliebenen Prospektes mit gotischen Elementen ist ein einzigartiges kunstgeschichtliches Zeugnis. Die das Gehäuse bekrönende Engelgruppe ist ein Werk des Bildhauers Johann B. Straub, der von 1727 bis 1734 in Wien wirkte. Die ursprünglich in Resedagrün gefasste Orgel erhielt eine neue weiße Fassung. Diese Orgel erhielt laufend die nötige Anpassung an den Zeitgeschmack, aber auch vielfache Veränderung.

47 Register und 4 Manuale prägen das Klangbild dieser Orgel, auf der sich Werke der Renaissance ebenso sinnfällig darstellen lassen, wie solche aus Barock und Romantik oder jene des Orgelmeisters des 20. Jahrhunderts schlechthin - Olivier Messiaen.

2002 wurde die Orgel vom Passauer Orgelbauer Eisenbarth generalüberholt und mit einer modernen Setzeranlage ausgestattet, die über 8000 Registrierkombinationen ermöglicht.

2018 wurde durch die Firma Rieger Orgelbau eine Komplett-Reinigung durchgeführt und das Pedalwerk wurde um ein labiales 32'-Register (Untersatz 32´) ergänzt, bei dem die untersten fünf Töne akustisch und dann voll ausgebaut sind. Weiters erfolgte der Einbau eines Glockenspiels, eines Zimbelsterns und einer Nachtigall.

2019 wurde die Setzeranlage durch die Firma Rieger Orgelbau erneuert.