Die Wöckherl-Orgel in der Wiener Franziskanerkirche ist die älteste bespielbare Orgel von Wien. Das Instrument von Johann Wöckherl aus dem Jahr 1642 verfügt über 20 Register, die auf zwei Manuale und Pedal verteilt sind. In den Jahren 2009/2010 führte Orgelbau Kuhn eine Restaurierung durch, die die Rekonstruktion dreier verlorener Register einschloss. Die Wiedereinweihung war am 26. März 2011.

Die Orgel wurde 1641–1642 vom Orgelbauer Johann Wöckherl (um 1594–1660) – eigentlich Hans Weckherl – in der zentralen Nische des Chors der Wiener Franziskanerkirche errichtet. Der Kaufvertrag wurde am 14. Juli 1641 geschlossen.1707 wurde vor der Orgel ein Hochaltar errichtet, sodass das Instrument vom Kirchenraum aus nicht mehr sichtbar ist. In der 1. Hälfte des 18. Jahrhunderts nahm höchstwahrscheinlich Gottfried Sonnholz Dispositionsänderungen im Brustpositiv vor. Kleinere Reparaturen sind für 1786, 1797 und 1804 erwähnt. 1821 nahm Joh. Georg Seybert umfangreichere Arbeiten vor. In der Folge wurde die Orgel durch Jacob Deutschmann und Franz Ullmann gepflegt. Nach einer größeren Reparatur 1885 durch Johann M. Kaufmann schloss man mit diesem einen Wartungsvertrag ab, der bis 1918 verlängert wurde. Umbaupläne von 1927 wurden nicht realisiert. 1943 wurde die Orgel zum Schutz vor Kriegszerstörung abgebaut und eingelagert. Bei der Wiederaufstellung 1950–1951 durch Karl Reinisch’s Erben (Johann Pirchner) wurden die Klaviaturumfänge erweitert, die Tonhöhe durch Verschieben der Pfeifen erniedrigt, eine neue Pedalwindlade und eine neue Balganlage angefertigt.

Die Orgel hat 20 Register, zwei Manuale und ein Pedal mit jeweils kurzer Unteroktave in zeittypischer mitteltöniger Stimmung. Eine weitere Besonderheit sind Subsemitonien für gis/as, es¹/dis¹ und gis¹/as¹ im Brustpositiv. Das Orgelwerk mit mechanischer Traktur und Schleifladen befindet sich in einem Gehäuse mit reichem ornamentalen Schnitzdekor. Die Orgel kann mit geschlossenen und geöffneten Flügeltüren, die figural bemalt sind, gespielt werden und stellt in dieser Besonderheit ein Unikum in der Wiener Orgellandschaft dar.

I. Hauptwerk CDEFGAB - c 3
1. Principal 8 '
2. Copln 8 '
3. Quintadena 8 '
4. Principal octav 4 '
5. Quint 3 '
6. Superoctav 2 '
7. Mixtur 6f. 1 1/3 '
8. Copl Flötten 4 '
Tremolant (auf das ganze Werk)

II. Brustpositiv ‚ CDEFGAB - c 3 (Subsemitonien gis/as, dis 1/es 1, gis 1/as 1)
1. Copln 8 '
2. Spüzflöten 4 '
3. Principal octav 4 '
4. super octav 2 '
5. Khrumphörner ƒ 8 '
6. Zümbl 3f. ƒ 1 '

P. Pedal CDEFGAB - b
1. Portuna 16 '
2. Plochflötten 8 '
3. octav 4 '
4. Quint 3 '
5. Mixtur 4f. 2 '
6. Pusaunnen ƒ 8 ' 

Die Register Khrumphörner und Zümbl im Brustwerk und das Register Pusaunnen im Pedal wurden von der Orgelbaufirma Kuhn AG 2009-2010 rekonstruiert.